醫療廢水處理的基本方法有三類：物理法、化學法和微生物法，目前醫院更多采用的是化學方法，物理方法主要是是針對醫院廢水進行沉淀、分離、冷熱處理等操作。化學方法在醫院廢水處理中應用更為有效，目前常用的方法包括：氯化消毒法、氧化劑消毒法、輻射消毒等，微生物處理法作為當前科技附加值較高的方法，逐步受到了人們的青睞微生物技術。

　　醫院污水處理系統是一種理想的醫院污水生化處理原因在這：
　　1、采用延時曝氣，使污泥產率低，脫水性好，易處理，減少了污泥處理費。水下曝氣設備代替傳統的鼓風曝氣方式，使用靈活，系統十分簡單，無噪音污染。

　　2、管理單位，運行可靠。設備種類和數量較少，控制系統比較簡單，采用浮動式可自動升降的專用撇水裝置和特殊的潷水器在進水過程仍可排水，滲水器的升降自動進行。保證出水穩定。

　　3、運行費用省。由于周期性曝氣，池內溶解氧的濃度在沉淀和排水階段降低，在曝氣時，氧濃度梯度大，傳遞效率高，節能效果顯著。

　　4、有機物去除率高，出水水質好。不僅能有效去除污水中各種有機污染物，而且具有良好的脫氮、除磷功能。使二級處理的投資，達到三級處理的水質。

　　5、工藝在延時曝氣、周期循環中，極易做到好氧、缺氧和厭氧狀態。而對醫院污水的處理，需要考慮污水中有人的、致病菌，所以不能用普通污水凈化池的處理辦法來處理，要采用厭氧、兼氧結合為主處理，并利用一系列的物理、化學、生物原理來對污水中的有機物、病菌、進行沉淀、分解、吞噬、殺死。能很好的滿足這一要求。

　　6、工程建設費用低。生物降解、污泥沉降和廢水排放均在同一池中進行，不需調節池、二沉池和污泥回流設備，可大大節省投資、減少用地和降低運行費用。